内置式水箱自洁消毒器有内置式和外水箱自洁消毒器采用微电解物理消毒法对水体进行消毒。能量控制器采用循环脉冲放电控制循环释能器向水中释放能量，原理在于经过水箱消毒器处理后，水中细菌和藻类的生态环境发生变化，生存条件丧失而死亡。

  内置式水箱自洁消毒器细菌膜有许多通道。通过这些过道，细菌得以成长。这些通道是由单个分子复合体组成，能够让离子通过。离子通道的调节影响细菌的生命。含菌液体流过强电场，致使瞬间变化电流通过液体，在导电通路上的细胞被高速运动的电子冲击致死，达到灭菌的目的。
  内置式水箱自洁消毒器通过扩散和循环对水箱、水池中的所有水及水箱、水池内壁进行处理，破坏水中及水箱、水池内壁的细菌、藻类微生物细胞，达到消毒、灭藻、仰菌的效果。